在前往下个道馆旅行的小智一行人，现在在一处茂盛的大草原上享用午餐，这个时候来了一个不速之客。
“那边的少年，你是神奇宝贝训练家吧”这时候出现了一位穿着红色衣服的女生，她的伙伴是一只长尾怪手。
“我是小智，是一位神奇宝贝训练家”
“我叫做小刚，小姐请问你的名字是”小刚看到美丽的大姐姐，瞬间冲了过去，简直和瞬间移动一样，一眨眼就出现在女生的面前。
“我叫做小凌，能请你和我做一场对决吗”女生做了自我介绍后，并向小智提出了请求。
“当然”小智从来不逃避对战，欣然同意了。
“小锯鳄决定是你了”“布鲁皇上吧”
结果很明显，小智用了三只神奇宝贝打败了小凌的六只神奇宝贝就是成都御三家
“没想到你这么强，我完全败了，我还要继续加油”比赛结束后大家一起坐下吃午餐。
“还好了，都是大家努力的结果”小智看着自己的神奇宝贝在吃着饭，脸上不自觉的露出了高兴的笑容。
“对了，小凌，你知道这附近哪里有神奇宝贝中心吗”小刚随后问道，要恢复体力还是去神奇宝贝中心比较好，而且还可以给神奇宝贝们做一下全身检查，防止有隐患，当然还有去就是看看那里的乔伊小姐。
“靠近这里最近的神奇宝贝中心就是穿过这片森林后方的绿色草原镇”
“绿色草原镇，听起来好漂亮，让人有一种休闲舒适的感觉，那里可是城都地区女生最想去的地方啊”小霞听了小凌的话说道，而小智一听绿色草原这几个字，心头瞬间就有结晶塔的帝王，未知图腾和炎帝这几个信息，没想到已经走到这里了。
“我也正要去那里呢”原来小凌也要去那里，于是几人吃过午饭，就结伴向绿色草原走去。
“绿色草原是一个绿意盎然的和平之地，那里吹拂的微风，可以安抚人和神奇宝贝的心灵，我很早之前就想要去看一看”走在路上，小霞对于绿色草原非常期待，不过话说小霞，你想去的不是大海吗？
“女生最想去的地方，那里肯定会有许多的美眉，嘿嘿嘿…”小刚看起来很猥琐，他对那里的大姐姐们很期待。
“这里真的好美呀”走出森林，就看到遍地都是不同颜色的花朵，一直想接下来事情的小智都不由放松了心情，一阵微风拂过，带来阵阵花香，让人沉醉其中。
“越过那个土丘，就可以看到绿色草原了”又走了一小段路，小凌指着前方微微凸起的小土丘对小智他们说道。
“是吗？那就快点去看看吧”四人激动的向前方冲去。
“这是什么”本来满怀希望可以看到美丽的草原，可是映入眼帘的却是另一番景象，却是一座直耸云霄的结晶塔，结晶呈辐射状向四周延伸，没有艳丽的花朵，没有碧绿的小草，更没有悠闲生活的神奇宝贝们，只剩一大片蔓延的结晶，而且还在向外延伸，就在他们的眼前绿地就消失了，变成了结晶地，小霞看到后非常不相信，这到底是怎么回事。
“君莎小姐”而这时，小刚看到君莎小姐从他们后面的一条大路上疾驰而过，并没有停留，而后又有一辆车过来了，是电视台的，他们通过电视报道向全世界展现这里的问题。
“我们先去神奇宝贝中心”在这里也得不到什么有用的信息，所以小智建议说，随后几人就来到神奇宝贝中心，这里还没有被结晶波及。
“好多的专家学者都抵达了这里”到了神奇宝贝中心为神奇宝贝恢复体力后，电视台的报道也来到了这里，随着主持人的话就看到了一辆汽车。
“大木博士”走下车的是大木博士，小智当然要上去打招呼了，随后小智又看到自己的妈妈从车上走了下来，在这里可以看到妈妈，小智非常的高兴“妈妈”。
“小智，你们也在这里啊”花子很高兴可以碰到小智，直接跑过去抱住小智，“你这孩子，又瘦了看来又不爱惜自己了”
“对不起，妈妈”小智也紧紧抱住妈妈，原本自己想说的话被花子这样一抱，全都抛到脑后了。
通过和妈妈的聊天，大家也知道了那座房子是秀力博士的家，秀力博士是大木博士的学生，到过真新镇好几次，而且还指导过小智妈妈的学习，所以他们关系很好，小智妈妈随后拿出一张照片，上面是大木博士、小智及妈妈和秀力博士一家，因为从秀力博士助手那里知道了秀力博士失踪，所以小智妈妈对秀力博士的女儿小米非常担心。
聊着聊着，小智突然脸色一变，严肃的看着结晶塔的方向，他发现一个模糊的波导高速朝这边移动。
“小智，有情况”就在这时皮卡丘也朝着结晶塔的方向叫了起来。
“怎么了”小霞好奇的问。
“有东西过来了”小智看到远处有一个不断跳跃前进的身影，开始严肃起来。
“这是什么神奇宝贝，还是第一次见到”一眨眼的功夫，那只神奇宝贝就来到了眼前，而且它的脚下开始结晶。
“是炎帝”小智为大家解释说，“妈妈退后”小智看到妈妈走上前去，立刻把妈妈拉了回来，因为小智知道炎帝想把自己妈妈抓走给秀力博士的女儿小米做妈妈，小智当然不会让妈妈身陷危险。
“不要多管闲事，我要带走妈妈”炎帝则是通过心电感应向大家表达自己的意思。
“那是不可能的，谁都别想在我面前把妈妈带走，虽然你不是真的炎帝，不过就算是真的也不能带走我妈妈”小智直接拒绝对方。
“那就。不要怪我了”随后从炎帝嘴中吐出一道紫红色的火焰，向着这边打来。
“皮卡丘十万伏特”小智也立刻让皮卡丘使用十万伏特，黄色的电流和橙色的电流彼此交缠，逐渐壮大，和炎帝的喷射火焰碰到了一起，随着砰的一声，产生了爆炸，激起了大量的烟尘。大家都被这股力量给吹了出去。
突然炎帝从烟雾里跳了出来，对着小智使出大字火。
“皮卡丘电球”皮卡丘丢出电球，和大字火互相抵消，再次激起大量烟雾。
“皮卡丘九点钟方向高压电击”小智的波导感应到九点钟方向有一个物体正高速朝花子跑过去，皮卡丘全身带着电流朝那个方向跑去，成功截住了炎帝。
炎帝被皮卡丘撞到后摔在地上翻两个滚，砰的一声消失了。
“不好，是替身”小智没想到炎帝这么狡猾，他突然发现三点钟方向一个波导已经突破他的防御范围，跑到了花子那里。
炎帝瞪了一下花子，花子马上被催眠了，倒在了它的背上，这时炎帝准备撤退，它不想和小智纠缠。
“放开我妈妈，皮卡丘电光一闪”花子已经在炎帝背上了，皮卡丘不能使用电击，不过它也非常心急，一下子跳到炎帝面前。
炎帝对皮卡丘不会手下留情，皮卡丘还在半空中的时候，嘴里燃烧着紫红色的火焰，使出喷射火焰，巨大的火焰直接击中皮卡丘，将皮卡丘全身烧伤，炎帝转身就跑。
“皮卡丘”小智这时候面对两难的境地，一边是妈妈，一边是皮卡丘，最后他还是选择皮卡丘，妈妈在炎帝手中不会受到伤害，但皮卡丘烧伤急需治疗。
“皮卡丘，我马上带你去神奇宝贝中心”小智抱起受伤的皮卡丘朝神奇宝贝中心跑去。
“小智，皮卡丘没事吧”小刚他们终于赶到了在神奇宝贝中心，看到小智坐在旁边问道。
“没什么问题，只需要休息一下就可以了”小智回道。
“炎帝为什么要抓走伯母”小霞问道。
“我们去找大木博士问一下吧”小刚建议大家道，随后大家来到了大木博士所在的房间，看到大木博士和秀力博士的助手在研究什么。
“怎么样了，大木博士有什么收获吗”小智进来后问道。“不是太多，根据秀力博士的研究，应该是未知图腾的原因，未知图腾可以感应人内心，这个结晶是感应到小米内心的未知图腾所做的”大木博士也是一阵无奈，根本无从下手，只能从秀力博士研究中看出一些东西，秀力博士的的失踪应该和未知图腾有，而这里的结晶也和未知图腾分不开。
“未知图腾”小霞对于未知图腾不了解，所以很好奇。“是的，我在秀力博士的屋子里看到好多未知图腾”秀力博士的助手这时也同意的说。“我现在和爸爸妈妈很好，希望你们不要来打扰”就在大家担心的时候，突然电脑上来了一封电子邮件，大木博士点开后，就看到原来是小米传来的，小米严肃的说完后，邮件就消失了。
“那是不可能的，我妈妈还在里面，大木博士今晚我就去结晶塔”小智一拳砸在墙上。“看来是无法阻止你了，小智需要我让小建传送哪些神奇宝贝给你”大木博士知道小智的决心，所以决定支持小智。“我们也去”小霞他们同时举手。“可以，大木博士，把关东御三家和路卡利欧给我就可以了”小智说到。
“对了，小智你们把这个带着，这是精灵无线电，这样大家就可以随时取得联系”小凌也把她脖子上挂着的无线电取了下来递给小智。小智认真的收下了。“我们出发”等皮卡丘恢复后，小智几人就向着结晶塔出发。
在小智他们走出神奇宝贝中心后，看到结晶覆盖范围在不断扩大，走到外围看到一辆推土机被突然生长的结晶给推倒了，在司机跑出来后，推土机就被结晶给覆盖了。
“我们到底要怎么进去”看到这种情况，大家就知道不可能正面进入，小霞担忧的问道。
“这里，水没有被结晶化”小刚向着四周观察了一番，就发现还有水从结晶塔向外流出，“看来我们只要沿着水流就可以到达秀力博士的豪宅了”三人沿着水流向前走去，小刚拿着秀力博士助手给的住宅图说道。
“九尾使用幻象术，送我们上去”一路走来，走到了一处瀑布下，小智让九尾送他们上去。九尾的眼睛发出蓝色光芒，光芒随后包裹住小智他们，就把小智他们送了上去。
而在另一边，跟着小智的火箭队，他们走的不是水路，而是乘着热气球向着结晶塔而去，还在幻想着结晶塔里的宝物，可是迎接他们的却是炎帝的火焰球，他们的气球被打烂到处乱飞，最后落进了秀力博士的豪宅里面。
“我们要怎么进去”可以说是一路平安走来，不过眼前又出现了难题，小智他们来到了一座门前，这座门已经被结晶化了，完全不知道要怎么进去。
“试一下吧，喷火龙使用喷射火焰”小智先是派出了喷火龙，一道喷射火焰打去，结晶出现了溶化现象，而后就在门上看到出现了一个大洞。
“成功了”小霞高兴的喊道。
“还没有”不过随后就看到那个洞又被结晶给堵上了。
“大家拉住我的手，九尾瞬间移动”小智抱住抱着喷火龙，喷火龙继续用喷射火焰，小霞他们拉住小智的手，九尾站在站在小智旁边，使出瞬间移动穿过这个洞，成功进入宅子内部。
“什么，难道这就是未知图腾的力量”小智三人踏上楼梯后，突然四周的场景就变换了，台阶也变得透明了，小霞吓了一跳。
“估计是了”小刚随后说道。
“我们继续向前走”刚才场景的变换也吓了小智一跳，不过要继续向前走，未知图腾拥有的力量可以说是最神秘的，遇到一个不可怕，而可怕的是遇到一群。
“这到底是怎么回事”爬了一段很长的楼梯，小智三人来到了一处开阔的地方，这里是粉色的天空飘着几朵云彩，地上是生机盎然的草原，几朵小花点缀其上非常美丽，乍一来到这里，小霞非常的不相信，居然房子里有这样的地方。
“这里应该就是未知图腾将小米内心世界制造了出来”小智也是非常惊叹未知图腾的力量。
“炎帝”就在小智他们沿着旁边的阶梯继续向上攀登的时候，就看到炎帝停在了前方的阶梯上，而背上还有一位十七八岁的少女。
“你们就是神奇宝贝训练家吗，跟我战斗吧”随后炎帝和少女就来到了小智他们的面前，少女对着小智几人说道。
“小米”小智这时说道。
“你还真是清楚啊”对面的少女随后就承认了。
“小米不是应该是小女孩吗”今天这一天已经完全颠覆了小霞的认知。
“这个是未知图腾制造的，在这里一切皆有可能，不过样子虽然变了，但她的波导永远不变”小智也解释道。
“怎么样，到底愿不愿意和我战斗”小米再次问道。
“美丽的大姐姐对手应该是我才对”小刚这次主动接受了挑战，“小智你们去找小米吧，我会赶上的”。
“嗯”小智他们非常相信小刚，所以就沿着旁边的阶梯继续向上攀登。
“使用的神奇宝贝为三只，你看怎么样”小刚要为小智他们拖时间，所以就提议33对战。
“我知道了”小米说完后，在小刚和小米之间出现了一个对战场地。
“大嘴蝠去吧”小刚先发是大嘴蝠。
“拜托你了绵绵”看到小刚派出了大嘴蝠，小米的手里出现了一颗绚丽的水晶宝贝球，出来的神奇宝贝是一只绵绵。
“偷偷摸摸蹑手蹑脚，这个地方有宝藏吗”就在两人对战的时候，火箭队静悄悄的登上了小智他们刚才走过的阶梯，小次郎越来越怀疑这里有宝藏的可能性。
“你们说什么，既然来都来了，总不能空着手回去吧”武藏说到。
“榛果球自爆”
小小象团成团，非常快速的冲向榛果球，可是砰的一声，在小小象撞上榛果球的那一刻，榛果球使用了自爆，剧烈的爆炸之后，双方都失去了战斗能力，而后小米和炎帝就消失了，小刚也收回榛果球后，向小智他们追去。
小智他们爬了一段楼梯后，又来到了一处开阔地方，这里是一处海滩，微微的海风吹起浅浅的波浪，旁边红艳的花朵，是一个非常浪漫的地方，要不是因为有急事处理，小智真想和小霞在这里牵着手漫步。
“这次你们谁要和我决斗”而这时小米和炎帝再次凭空出现了。
“小智你先走吧，这里交给我来”小霞走到小智身前说道。
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